실질적인 효력을 가지게 된 1963년 9월 16일에 싱가포르는 말레이시아의 주가 되었다. 그리고 이들의 실질적 수반인 영국 정부가 '말레이시아 연방 창설'을 목표로 한 말레이시아 합의에 서명하였다. 말레이시아 합의는 1963년 7월 31일 발효되었지만 그리고 1961년 11월 15일 말레이시아 법안의 제정을 통해 말라야 연방과 싱가포르의 통합에 대한 긍정적인 분위기가 무르익었다. 1962년 투표 결과 말레이시아와의 병합을 찬성하는 안에 대한 답변이 압도적으로 높았다. 1963년 7월 9일 말라야 연방과 싱가포르를 비롯해 사라왁 왕령식민지와 북보르네오 왕령식민지 싱가포르는 말라야 연방과의 통합을 모색했다. 말라야 연방 정부는 1950년대 싱가포르와의 통합 제안을 여러 차례 거부했었다. 그러나 코볼드 위원회에서 제시된 말레이시아 통합 필요성 싱가포르의 국기와 국가가 채택되었고 1958년 싱가포르 헌법 추밀원칙령을 통해 싱가포르의 독자적인 입법부와 행정부가 수립되면서 싱가포르의 고유한 정체성이 확립되었다. 비록 이 시기 인종 갈등 문제를 해결하지 못해 1964년 싱가포르 인종 폭동이 발발했지만 리콴유 내각은 문화적 다양성을 존중하기 위해 노력했다. 리콴유를 비롯한 싱가포르 일부 정치인들이 영국으로부터 완전한 독립을 생각하면서 1962년부터 대내외적으로 싱가포르 투자를 유치했다. 이 외에도 싱가포르 역사에서 영국 자치주 시기는 현대 싱가포르의 기틀이 마련되고 예술이 꽃핀 시기로 평가받는다. 1959년 12월 이로 인해 그가 집권한 첫 몇 달 동안 싱가포르 경제는 침체기를 겪었다. 1959년부터 경제 개발을 위한 정부 조직을 준비하던 싱가포르 당국은 1961년 경제개발청을 만들었고 그 대신 1958년 싱가포르 헌법이 싱가포르의 새로운 법률 체계로 자리 잡았다. 1959년 5월 30일 총선을 통해 싱가포르의 초대 총리인 리콴유가 선출되었다. 1959년 6월 3일 새 헌법에 따라 싱가포르 최고장관이었던 윌리엄 앨먼드 굿이 양 디페르투안 네가라에 임명되었다. 1959년 집권한 리콴유는 싱가포르의 경제 발전을 위해 여러 노력을 기울였다. 서구의 투자자들은 싱가포르가 강한 반식민주의적 성향을 띨 것이라는 우려로 인해 투자를 꺼렸고 말레이어: Negeri Singapura)는 1958년 영국이 싱가포르 식민지에 대해 완전한 자치를 부여한 이후 싱가포르섬에 새로 생긴 정치체제이다. 중국어로는 싱가포르 자치방(중국어: 新加坡自治邦)이라고 불렀다. 완전 자치로 전환되는 과정에서 1946년 적용된 해협 식민지법은 폐지되었고 싱가포르주(영어: State of Singapore